1939 m. Petras pradėjo lankyti Vadžgirio pradžios mokyklą. Pirmosios bolševikinės okupacijos represijos šeimos nepalietė, bet motinos vyriausios sesers šeimą ir pradžios mokyklos geriausią mokytoją ištrėmė į Sibirą.1944 m. pavasarį P. Girdzijauskas baigė Vadžgirio praplėstos pradinės mokyklos penkis skyrius. Tuo metu Raudonoji armija vėl įsiveržė į Lietuvą, stumdama nacių Vermachtą į Vakarus. Fronto linija užstrigo ties Raseiniais, Girdzijauskų tėviškė atsidūrė vokiškoje pafrontės zonoje. Netoliese slapstėsi būrys jaunuolių, kuriuos gaudė nacių žandarai priverstinei tarnybai nacių Vokietijai. Dvylikmetis paauglys Petras, tėvo palieptas, nešdavo jiems maistą. Šeimoje buvo kalbama, kad šventa pareiga padėti jiems išlikti. Pasikeitusių okupantų ordose atsirado kur kas daugiau medžiojančių Lietuvos jaunus vyrus, tik jie vadinosi ne žandarai, bet SMERŠ, NKVD, NKGB, istrebiteliai…
1948 m. pavasarį Vadžgirio progimnazijoje Petras baigė penkias klases ir 1948 m. rudenį pradėjo lankyti Eržvilko gimnazijos šeštąją klasę. Šiame šviesos židinyje pasipriešinimas okupantams tiesiog virte virė nuo pat okupacijos pradžios. Tuomet buvęs Eržvilko gimnazijos direktorius Henrikas Danilevičius-Vidmantas vadovavo Kęstučio partizanų apygardai, o tuometinis gimnazijos direktorius Vincas Ulevičius (tikrasis vardas ir pavardė iki 1945 m. – Stasys Jarmala) šios partizanų apygardos leidinio „Laisvės varpas“ korespondentas, vėliau štabo narys. Be to, jis gimnazijoje buvo įsteigęs du pogrindinius spaudinius „Atžalyną“ ir „Varpą“. P. Girdzijauskas dalyvavo leidžiant bei platinant šiuos pogrindžio leidinius, taip pat palaikė ryšius su partizanų Kęstučio apygardos štabo Informacijos skyriumi. Išdavus bendramoksliui, čekistai jį 1949 m. balandžio mėn. suėmė. Tardytojai daugiau nenustatė šių pogrindžio spaudinių leidėjų bei platintojų. Pavykus išvengti grupinės baudžiamosios bylos, dėl kurios bausmės būtų didesnės, P. Girdzijauskas buvo teisiamas vienas ir ypatingojo pasitarimo nutarimu 1949 m. rugpjūčio 17 d. nuteistas penkeriems metams lagerio. Kalėjo ypatingojo režimo lageryje Dubravlage (Mordovija). Tuo metu daug politinių kalinių, Stalino įsakymu, vykdė sovietinės armijos perrengimo programą, kai vietoje „garsiųjų“ vatinkų (vata kimštų šimtasiūlių) buvo siuvami padoresni žieminiai rūbai. Čia, tuo metu dirbdamas rūbų sukirpimo ceche, poetas Antanas Miškinis rašė savo psalmes. Per Šv. Velykas P. Girdzijauskas su kitais sustabdė karines uniformas siuvusį konvejerį, todėl jau gegužę jį nutrėmė į 5-ojo lagerio molio karjerą.
1953 m. balandžio mėn. paleistas iš įkalinimo vietos, P. Girdzijauskas grįžo į Lietuvą. Jau buvo radęs darbą Vilniaus Skaičiavimo mašinų gamykloje, bet kreipdamasis į miliciją dėl registracijos gavo įsakymą per 24 valandas išvykti iš Vilniaus. Teko apsistoti Raseiniuose, kur 1953–1954 m. dirbdamas baigė vidurinę mokyklą. 1954 m. rudenį čekistų „džiaugsmui“ įstojo į Vilniaus statybos technikumą, kurį baigė 1956 m. Gavęs nukreipimą, pradėjo dirbti Vilniaus statybos treste. Gyvendamas Vilniuje, bendravo su laisvės kovų dalyviu Viktoru Petkumi, buvusiu Raseinių mokyklos klasioku. Iš jo gaudavo Bernardo Brazdžionio knygų, išeivių rašytojos Nelės Mazalaitės novelių, A. Miškinio psalmių rankraštinius tekstus bei kitos draudžiamos literatūros. Ją savo ruožtu platino. Netrukus, 1957 m. gruodžio 27 d. okupantų spec. tarnybų buvo suimtas, pusę metų tardomas grupinėje byloje dėl nelegalios literatūros laikymo bei platinimo. Šioje byloje iš viso buvo teisiama 11 asmenų. 1958 m. birželio 14 d. Lietuvos SSR Aukščiausiojo teismo nuosprendžiu P. Girdzijauskas buvo nuteistas trejiems metams lagerio. Vėl atsidūrė GULAGʼo Dubravlage, tik dabar centriniame, 11-ame lageryje. Po kalinimo 1960 m. grįžo į Vilnių, į tą pačią darbovietę. Teikė pagalbą grįžtantiesiems iš katorgos ir tremties, padėdavo jiems prisiregistruoti ir įsidarbinti Vilniuje, kituose miestuose. Vedė bendramintę Juliją Sabiną, susilaukė dukros ir sūnaus. 1962–1968 m. dirbdamas baigė Kauno politechnikos instituto Vilniaus filialo studijas, įgijo inžinieriaus statybininko kvalifikaciją. 1968–1984 m. dirbo inžinieriumi statybinių medžiagų pramonės įmonių projektavimo, Statybos ministerijos ir kitų organizacijų sistemoje. 1985–1992 m. dirbo Kolūkių statybos projektavimo instituto projektų vyriausiuoju inžinieriumi.
Nuo Sąjūdžio įsikūrimo aktyviai dalyvavo visuomeninėje veikloje, 1991 m. sausio mėn. budėjo prie Lietuvos parlamento. 1991 m. įstojo į Lietuvos politinių kalinių sąjungos Vilniaus skyrių, daugelį metų buvo šios sąjungos tarybos bei prezidiumo narys, dabar yra šios sąjungos Vilniaus skyriaus pirmininkas. Daugelį metų buvo Lietuvos rezistencinių organizacijų Jungtinės tarybos nariu bei pirmininku. 1992–1996 m. dirbo Darbo biržoje Vilniaus raj. direktoriaus pavaduotoju, dalyvavo šios įstaigos kūrime, nes sovietmečiu tokia įstaiga praktiškai neegzistavo. Nuo 1997 m. pradėjo dirbti Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centre direktoriaus pavaduotoju ūkio reikalams, dalyvavo šios institucijos kūrime 1997 m. LR Seimui priėmus naują LGGRTC uždavinių, funkcijų ir struktūros įstatymą. 1998–2000 m. buvo tarptautinio kongreso „Komunizmo nusikaltimų įvertinimas“ organizacinio komiteto narys.
2000 m., baigęs darbinę veiklą, toliau užsiėmė Lietuvos pokario rezistencijos tyrinėjimo veikla. 2009 m. sudarė partizanų vyriausiojo ginkluotųjų pajėgų vado, dimisijos brigados generolo, faktinio 4-ojo Lietuvos prezidento Jono Žemaičio-Vytauto 100-mečio minėjimo programą, kurią patvirtino LR Seimas, o vykdymu rūpinosi Krašto apsaugos ministerija, LGGRTC, kitos institucijos. Tais pačiais metais P. Girdzijauskas išleido knygą apie J. Žemaitį-Vytautą „Partizanų išrinktas Lietuvos prezidentas“ (taip pat išleista elektroninė knygos versija). 2012 m. Pauliaus Vyturio slapyvardžiu išleido knygą „Dialogai su Viešpačiu ir šėtonu“, kurioje su tikru rašytojo talentu aprašė patirtą nacių ir sovietų okupaciją, išgyvenimus lageryje ir kt. Prisiminimų ištraukas apie katorgoje praleistus metus publikavo A. Miškinio knygoje „Sulaužyti kryžiai“ ir knygoje „Profesorius Juozas Tonkūnas“. Prisiminimus, apybraižas, bendražygių biografijas spausdino žurnale „Laisvės kovų archyvas“ (Nr. 19, 24, 25, 26, 27, 30, 32, 40). Apie šimtą įvairių publikacijų yra paskelbęs žurnaluose „Kardas“, „Kariūnas“, „Varpas“, laikraščiuose „Lietuvos aidas“, „XXI amžius“, interneto svetainėse bei įvairiuose išeivijos leidiniuose.
1999 m. vasario 24 d. P. Girdzijauskui suteiktas Laisvės kovų dalyvio teisinis statusas.
